Nota fiscal atrasada de comissão de afiliado: apurar retroativo ou lançar tudo no mês atual?

Cliente meu (afiliado digital, MEI, presta serviço de agenciamento pra uma plataforma) ficou uns 2 meses sem emitir a nota da comissão - só percebeu agora e me procurou pra regularizar. Nunca tinha passado por isso antes e fiquei na dúvida de qual caminho seguir: vocês costumam apurar retroativo, mês a mês, refazendo o PGDAS-D de cada competência em atraso, ou preferem lançar tudo de uma vez no mês corrente pra simplificar? E na prática, como estão lidando com juros e multa de mora do ISS nesses casos - já calculam e avisam o cliente do custo antes de decidir o caminho, ou só acertam se a prefeitura notificar? Queria entender como vocês costumam resolver isso no dia a dia.